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Investigación

Unidad de Epigenética y Regulación Génica

Unidad de Epigenética y Regulación Génica

Líneas de investigación

Contenidos con Investigacion Unidad de Epigenética y Regulación Génica .

Unidad de Epigenética y Regulación Génica

Regulación epigenética de la identidad el músculo estriado y su implicación en enfermedades raras del tipo de las miopatías idiopáticas y problemas de conducción cardiaca, tales como la fibrilación atrial y el bloqueo atrioventricular. Ensayos Funcionales de Nuevas Mutaciones en Enfermos no Diagnosticados.

Proyecto PID2020-114773GB-I00 (AEI/10.13039/501100011033) financiado por:


 

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New cis-Acting Variants in PI*S Background Produce Null Phenotypes Causing Alpha-1 Antitrypsin Deficiency

Matamala N, Gomez-Mariano G, Perez JA, Baladrón B, Torres-Durán M, Michel FJ, Saez R, Hernández-Pérez JM, Belmonte I, Rodriguez-Frias F, Blanco I, Strnad P, Janciauskiene S, Martinez-Delgado B. New cis-Acting Variants in PI*S Background Produce Null Phenotypes Causing Alpha-1 Antitrypsin Deficiency. Am J Respir Cell Mol Biol. 2020 Oct;63(4):444-451.

PUBMED DOI

miR-320c Regulates SERPINA1 Expression and Is Induced in Patients With Pulmonary Disease

Matamala N, Lara B, Gómez-Mariano G, Martínez S, Vázquez-Domínguez I, Otero-Sobrino Á, Muñoz-Callejas A, Sánchez E, Esquinas C, Bustamante A, Cadenas S, Curi S, Lázaro L, Martínez MT, Rodríguez E, Miravitlles M, Torres-Duran M, Herrero I, Michel FJ, Castillo S, Hernández-Pérez JM, Blanco I, Casas F, Martínez-Delgado B. miR-320c Regulates SERPINA1 Expression and Is Induced in Patients With Pulmonary Disease. Arch Bronconeumol (Engl Ed). 2020 May 18.

PUBMED DOI

Alpha-1 antitrypsin deficiency: outstanding questions and future directions

M Torres-Durán; JL López Campos; M Barrecheguren; M Miravitlles; B Martínez-Delgado; S Castillo; A Escribano; A Baloira; MM Navarro-García; D Pellicer; L Bañuls; M Magallón; F Casas; F Dasí. Alpha-1 antitrypsin deficiency: outstanding questions and future directions. Orphanet Journal of Rare Diseases 2018, Jul 11;13(1):114.

PUBMED DOI

SpainUDP: The Spanish Undiagnosed Rare Diseases Program

López-Martín E, Martínez-Delgado B, Bermejo-Sánchez E, Alonso J, Posada M, and the SpainUDP Network. SpainUDP: The Spanish Undiagnosed Rare Diseases Program. Int J Environ Res Public Health. 2018 Aug 14;15(8). pii: E1746.

PUBMED DOI

Identification of Novel Short C-Terminal Transcripts of Human SERPINA1 Gene

Matamala N, Aggarwal N, Iadarola P, Fumagalli M, Gomez-Mariano G, Lara B, Martinez MT, Cuesta I, Stolk J, Janciauskiene S, Martinez-Delgado B. Identification of Novel Short C-Terminal Transcripts of Human SERPINA1 Gene. PLoS One. 2017 Jan 20;12(1):e0170533.

PUBMED DOI

Spanish Registry of Patients With Alpha-1 Antitrypsin Deficiency: Database Evaluation and Population Analysis

Lara B, Blanco I, Martínez MT, Rodríguez E, Bustamante A, Casas F, Cadenas S, Hernández JM, Lázaro L, Torres M, Curi S, Esquinas C, Dasí F, Escribano A, Herrero I, Martínez-Delgado B, Michel FJ, Rodríguez-Frías F, Miravitlles M. Spanish Registry of Patients With Alpha-1 Antitrypsin Deficiency: Database Evaluation and Population Analysis. Arch Bronconeumol. 2017 Jan;53(1):13-18.

PUBMED DOI

Why do some adults with PiMZ alpha1-antitrypin develop bronchiectasis?

Nupur Aggarwal, Beatriz Martinez Delgado, Salipalli Sandeep, Nerea Matamala, Jessica Rademacher, Nicolas Schwerk, Tobias Welte, Sabina Janciauskiene, Felix C. Ringshausen. Why do some adults with PiMZ alpha1-antitrypin develop bronchiectasis?. European Respiratory Journal. Open Res. 2016 Jun 6;2(2). pii: 00021-2016.

PUBMED DOI

Alpha1-antitrypsin regulates transcriptional levels of serine proteases in blood mononuclear cells

Nupur Aggarwal*, Janine Kropke*, Nerea Matamala, Beatriz Martinez-Delgado*, Maria Teresa Martínez, Heiko Golpo, Jan Stolk, Sabina Janciauskiene, Rembert Koczulla. Alpha1-antitrypsin regulates transcriptional levels of serine proteases in blood mononuclear cells. American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine 2016, 193(9):1065-1967. (*same contribution).

PUBMED DOI

Alternative transcripts of the SERPINA1 gene in alpha-1 antitrypsin deficiency

Matamala N, Martínez MT, Lara B, Pérez L, Vázquez I, Jimenez A, Barquín M, Ferrarotti I, Blanco I, Janciauskiene S, Martinez-Delgado B. Alternative transcripts of the SERPINA1 gene in alpha-1 antitrypsin deficiency. J Transl Med 2015 Jul 4;13:211.

PUBMED DOI

Severe Alpha-1 Antitrypsin Deficiency in composite heterozygotes carrying a new splicing mutation QOMadrid

Beatriz Lara, Maria Teresa Martínez, Ignacio Blanco, Ilaria Ferrarotti, Francisco Rodriguez-Frias, Laura Perez, Irene Vazquez, Javier Alonso, Manuel Posada, Beatriz Martínez-Delgado. Severe Alpha-1 Antitrypsin Deficiency in composite heterozygotes carrying a new splicing mutation QOMadrid. Respiratory Research (2014), 15(1):125.

PUBMED DOI

Alpha-1-Antitrypsin Deficiency Associated With the Mattawa Variant

Lara B, Martínez-Delgado B, Torres ML, Marín-Arguedas S, Bustamante A, Miravitlles M. Alpha-1-Antitrypsin Deficiency Associated With the Mattawa Variant. Arch Bronconeumol. 2013 Dec; 49(12):548-50

PUBMED DOI

Genome-wide profiling of non-smoking-related lung cancer cells reveals common RB1 rearrangements associated with histopathologic transformation in EGFR-mutant tumors

Pros E, Saigi M, Alameda D, Gomez-Mariano G, Martinez-Delgado B, Alburquerque-Bejar JJ, Carretero J, Tonda R, Esteve-Codina A, Catala I, Palmero R, Jove M, Lazaro C, Patiño-Garcia A, Gil-Bazo I, Verdura S, Teulé A, Torres-Lanzas J, Sidransky D, Reguart N, Pio R, Juan-Vidal O, Nadal E, Felip E, Montuenga LM, Sanchez-Cespedes M. Genome-wide profiling of non-smoking-related lung cancer cells reveals common RB1 rearrangements associated with histopathologic transformation in EGFR-mutant tumors. Ann Oncol. 2020 Feb;31(2):274-282.

PUBMED DOI

Diagnostic Performance of a Lateral Flow Assay for the Detection of Alpha-1-Antitrypsin Deficiency

López-Campos JL, Carrasco Hernandez L, Marquez-Martín E, Ortega Ruiz F, Martínez Delgado B. Diagnostic Performance of a Lateral Flow Assay for the Detection of Alpha-1-Antitrypsin Deficiency. Arch Bronconeumol (Engl Ed). 2020 Feb;56(2):124-126.

DOI

miR-320c Regulates SERPINA1 Expression and Is Induced in Patients With Pulmonary Disease

Duran M, Herrero I, Michel FJ, Castillo S, Hernández-Pérez JM, Blanco I, Casas F, Martínez-Delgado B. miR-320c Regulates SERPINA1 Expression and Is Induced in Patients With Pulmonary Disease. Arch Bronconeumol (Engl Ed). 2020 May 18;.

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Characterization of Novel Missense Variants of SERPINA1 Gene Causing Alpha-1 Antitrypsin Deficiency

Matamala N, Lara B, Gomez-Mariano G, Martínez S, Retana D, Fernandez T, Silvestre RA, Belmonte I, Rodriguez-Frias F, Vilar M, Sáez R, Iturbe I, Castillo S, Molina-Molina M, Texido A, Tirado-Conde G, Lopez-Campos JL, Posada M, Blanco I, Janciauskiene S, Martinez-Delgado B. Characterization of Novel Missense Variants of SERPINA1 Gene Causing Alpha-1 Antitrypsin Deficiency. Am J Respir Cell Mol Biol. 2018 Jun;58(6):706-716.

PUBMED DOI

Laura Hidalgo, Beatriz Somovilla-Crespo, Patricia Garcia-Rodriguez, Alvaro Morales Molina, Miguel Angel Rodriguez-Milla, Javier Garcia-Castro. Switchable CAR T cell strategy against osteosarcoma. Cancer Immunol Immunother. 2023 Aug;72(8):2623-2633.

Laura Hidalgo, Beatriz Somovilla-Crespo, Patricia Garcia-Rodriguez, Alvaro Morales Molina, Miguel Angel Rodriguez-Milla, Javier Garcia-Castro. Switchable CAR T cell strategy against osteosarcoma. Cancer Immunol Immunother. 2023 Aug;72(8):2623-2633.

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Alvaro Morales-Molina, Miguel Ángel Rodriguez-Milla, Stefano Gambera, Teresa Cejalvo, Belén de Andrés, María-Luisa Gaspar, Javier García-Castro. Toll-like Receptor Signaling-deficient Cells Enhance Antitumor Activity of Cell-basedImmunotherapy by Increasing Tumor Homing. Cancer Res Commun. 2023 Mar 1;3(3):347-360.

Alvaro Morales-Molina, Miguel Ángel Rodriguez-Milla, Stefano Gambera, Teresa Cejalvo, Belén de Andrés, María-Luisa Gaspar, Javier García-Castro. Toll-like Receptor Signaling-deficient Cells Enhance Antitumor Activity of Cell-basedImmunotherapy by Increasing Tumor Homing. Cancer Res Commun. 2023 Mar 1;3(3):347-360.

PUBMED DOI

Ana Cloquell, Isidro Mateo, Stefano Gambera, Martí Pumarola, Ramón Alemany, Javier Garcia-Castro, Judith Perisé-Barrios. Systemic cellular viroimmunotherapy for canine high-grade gliomas. J Immunother Cancer. 2022 Dec;10(12): e005669.

Ana Cloquell, Isidro Mateo, Stefano Gambera, Martí Pumarola, Ramón Alemany, Javier Garcia-Castro, Judith Perisé-Barrios. Systemic cellular viroimmunotherapy for canine high-grade gliomas. J Immunother Cancer. 2022 Dec;10(12): e005669.

PUBMED DOI

Clara Martín-Carrasco, Pablo Delgado-Bonet, Beatriz Davinia Tomeo-Martín, Josep Pastor, Claudia de la Riva, Paula Palau-Concejo, Noemí del Castillo, Javier García-Castro, Ana Judith Perisé-Barrios. Safety and Efficacy of an Oncolytic Adenovirus as an Immunotherapy for Canine Cancer Patients. Vet Sci. 2022 Jul; 9(7): 327

Clara Martín-Carrasco, Pablo Delgado-Bonet, Beatriz Davinia Tomeo-Martín, Josep Pastor, Claudia de la Riva, Paula Palau-Concejo, Noemí del Castillo, Javier García-Castro, Ana Judith Perisé-Barrios. Safety and Efficacy of an Oncolytic Adenovirus as an Immunotherapy for Canine Cancer Patients. Vet Sci. 2022 Jul; 9(7): 327

PUBMED DOI

Marion Rabé, Lucie Fonteneau, Lisa Oliver, Alvaro Morales-Molina, Camille Jubelin, Javier Garcia-Castro, Dominique Heymann, Catherine Gratas, François M. Vallette. Cellular Heterogeneity and Cooperativity in Glioma Persister Cells Under Temozolomide Treatment Frontiers in Cell and Developmental Biology. 2022, 10; 835273.

Marion Rabé, Lucie Fonteneau, Lisa Oliver, Alvaro Morales-Molina, Camille Jubelin, Javier Garcia-Castro, Dominique Heymann, Catherine Gratas, François M. Vallette. Cellular Heterogeneity and Cooperativity in Glioma Persister Cells Under Temozolomide Treatment Frontiers in Cell and Developmental Biology. 2022, 10; 835273.

PUBMED DOI

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Listado de personal

Información adicional

Nuestro principal objetivo es estudiar los mecanismos epigenéticos que regulan la fisiología y la patofisiología del músculo estriado, centrándonos en el complejo remodelador de la cromatina Chd4/NURD. Hemos demostrado que Chd4/NURD controla la identidad de ambos músculos estriados ya que, en el corazón, mantiene reprimidos los genes sarcoméricos del músculo esquelético y viceversa. Actualmente, hemos enfocado nuestro estudio en las proteínas que interaccionan con la ADN-helicasa Chd4, componente principal del complejo NuRD, para intentar comprender cómo influyen estas proteínas en el reclutamiento y función del complejo Chd4/NuRD, y su impacto en la expresión génica que determina la identidad del músculo estriado.

Por otra parte, estamos también estudiando el papel de la helicasa de ADN y RNA llamada Rhau en el desarrollo cardiaco y su impacto  en el funcionamiento del sistema de conducción cardiaco. Nuestra metodología de trabajo incluye tanto abordajes in vivo, con el uso de ratones modificados genéticamente, como abordajes in vitro.  Con todo, intentamos entender los mecanismos por los cuáles se desarrolla la identidad del músculo estriado para comprender las bases moleculares de algunas patologías raras asociadas a este tejido, tales como algunas miopatías y determinados problemas de conducción cardiaca para, con ello, desarrollar terapias para estas enfermedades.

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Resultados de investigación

La unidad de Terapia Génica es un grupo de investigación que, mediante el uso de modelos murinos y celulares, así como de terapias avanzadas, trabaja en: (i) la generación de modelos celulares y animales de enfermedades raras; (ii) el estudio de los mecanismos subyacentes al desarrollo y progresión de enfermedades humanas, y (iii) la búsqueda de nuevas aproximaciones terapéuticas para su tratamiento. Hasta la fecha, la unidad se ha centrado en tres tipos de enfermedades raras: la distrofia muscular congénita asociada a LMNA, los tumores ováricos de células de la granulosa y la leucoencefalopatía agresiva de aparición temprana asociada a KARS1.


El grupo inició su actividad científica en 2016 bajo la dirección del Dr. Pérez de Castro. Desde entonces, ha establecido contratos de colaboración con fundaciones de enfermedades raras con sede en España, Estados Unidos y Bélgica (Fundación Andrés Marcio, L-CMD Research Foundation, Cure CMD, CureKARS), y ha obtenido financiación procedente de convocatorias competitivas nacionales e internacionales.

Hasta la fecha, las principales contribuciones del grupo pueden resumirse del siguiente modo:

1.    Caracterización de TRMT61B como nuevo biomarcador y diana terapéutica en cánceres altamente aneuploides (Martín et al., Cell Death and Differentiation, 2022, 30(1): 37-53 (https://doi.org/10.1038/s41418-022-01044-6). 
2.    Estudio del potencial de la tecnología CRISPR como estrategia terapéutica frente a los tumores de células de la granulosa, causalmente asociados a la mutación FOXL2-C134W (Amarilla-Quintana et al., Molecular Oncology 2025, 19: 1092-1116 (https://doi.org/10.1002/1878-0261.13799). 
3.    Generación y estudio de una colección de mioblastos murinos, generados mediante CRISPR, portadores de distintas mutaciones en el gen Lmna (Gómez-Domínguez et al., Cells 2020, 9, 1286 (https://doi.org/10.3390/cells9051286).
4.    Generación de un modelo de Drosophila melanogaster para la expresión de LamCR264W, que recapitula el fenotipo muscular esquelético de la L-CMD (resultados no publicados).
5.    Generación de un modelo murino LmnaR249W (manuscrito en preparación), que reproduce los fenotipos cardíacos observados en la distrofia muscular humana L-CMD. Este modelo ya ha sido utilizado para evaluar el potencial de diferentes estrategias terapéuticas.
6.    Reversión de características asociadas a la enfermedad mediante la integración de un minigén LMNA de tipo salvaje, utilizando la tecnología HITI, en mioblastos humanos LMNA p.R249W y en ratones LmnaR249W/R249W (Epifano et al., Human Gene Therapy, 30(11): A160-A160, 2019.).
7.    Eliminación específica, mediada por CRISPR, de la mutación LMNA c.745C>T, p.R249W en fibroblastos murinos y en ratones LmnaR249W (Gómez-Domínguez et al., 2025, bioRxiv 2025.02.13.638060; doi: https://doi.org/10.1101/2025.02.13.638060;  (Molecular Therapy Advances; in press).
8.    Estudio del potencial terapéutico del inhibidor de p38 ARRY-797 tanto en mioblastos humanos como en modelos animales (mosca LamCR264W y ratón LmnaR249W) (Epifano et al., 2023, J Neuromuscul Dis. 2023;10(s2):S47. doi: 10.3233/JND-239001). 
9.    Uso de editores ABE para la corrección de la mutación LMNA c.745C>T en células humanas y murinas. Ensayos de prueba de concepto para la futura aplicación de estas aproximaciones CRISPR 2.0 en L-CMD (Santafé et al., 2026, manuscript in preparation).
10.    Generación y caracterización de controles isogénicos de tipo salvaje a partir de iPSCs de L-CMD editadas mediante editores ABE (trabajo en curso).