El Instituto de Investigación de Enfermedades Raras (IIER) ocupa dos sedes diferentes dentro del Instituto de Salud Carlos III. La sede originaria del IIER, donde se encuentra el área de epidemiología, se localiza en el pabellón 11 (imagen de la izquierda), primera planta, del campus de Chamartín, donde también se encuentra el mayor depósito de muestras del Biobanco Nacional de Enfermedades Raras del ISCIII.

La otra sede se encuentra en el campus de Majadahonda, edificio 52 primera planta Imagen de la derecha). En esta sede trabajan los investigadores de las distintas unidades incluidas en el Área de Genética Humana (enlace al organigrama del IIER).