La Unidad de Microscopía Electrónica (ME) del Instituto de Salud Carlos III, centra actualmente su actividad, por un lado, en dar apoyo al Sistema Nacional de Salud mediante el diagnóstico por microscopía electrónica de transmisión (MET) de diversas infecciones víricas y, por otro, en proporcionar asistencia científico-técnica relacionada con la ME, a los diferentes grupos de investigación del ISCIII. Asimismo, realiza labores de formación y colabora ocasionalmente con investigadores externos.

El microscopio electrónico está considerado como uno de los inventos más importantes del siglo XX y supuso un avance fundamental para el conocimiento de la estructura de la materia. Hoy en día, es una herramienta ampliamente utilizada en un gran número de disciplinas científicas. La Unidad de ME del ISCIII siempre ha tenido un papel importante en el estudio de virus emergentes tales como el VIH en los años 80 y ya más recientemente en la caracterización del SARS y del MonkeyPox. Actualmente la Unidad de ME dispone de una amplia cartera de técnicas para la caracterización de muestras biológicas mediante MET que dan apoyo científico-técnico a todos los investigadores del ISCIII. Esta metodología es aplicada en las funciones de la Unidad: ​ ​

• Diagnóstico y Referencia de infecciones, mayoritariamente víricas, mediante técnicas rápidas de ME, como la tinción negativa, a la que se añaden todas las técnicas clásicas de identificación ultraestructural de cualquier microorganismo. La Unidad  está acreditada por ENAC bajo la norma ISO 15189 para la identificación de virus por ME/Tinción negativa en muestras clínicas, cultivos y suspensiones. 
• Servicio de Apoyo a la Investigación. La Unidad de ME presta asistencia, a todos los grupos de investigación que así lo requieran, en la preparación, observación y análisis de muestras biológicas mediante MET. Asimismo, se proporciona a los investigadores asistencia para la adquisición, procesamiento y análisis de las imágenes de ME adquiridas.
• ​​Formación: La unidad presta un servicio de formación en técnicas de ME a los investigadores del ISCIII tanto de forma individual como a través del programa de formación interna del Instituto.​